По версии следствия, 3 августа 2010 года в целях реализации мероприятий по реконструкции и техническому перевооружению одного из корпусов АО «РКЦ «Прогресс», предусмотренных Федеральной целевой программой «Развитие оборонно-промышленного комплекса Российской Федерации на 2007-2010 годы и на период до 2015 года», между предприятием и обществом с ограниченной ответственностью был заключен договор подряда на сумму более 1 миллиарда рублей. Денежные средства по этому договору были перечислены коммерческой фирме в полном объёме. При этом выполнены были не все работы, предусмотренные техническим заданием. Это не помешало  АО «РКЦ «Прогресс» и ООО заключить в декабре 2014 года соглашение о расторжении договора с условием отсутствия у сторон претензий друг к другу.

Также в период с 2010-го по 2015 год сотрудники АО «РКЦ «Прогресс» утвердили технические сметы для проведения работ по реконструкции корпуса, предусмотренные указанным договором, с использованием собственных материалов на сумму более 87 миллионов рублей и заключили дополнительные договоры с другими подрядными организациями на выполнение работ по реконструкции и техническому перевооружению корпуса ещё более чем на 132 миллиона рублей. Оплата указанных работ была осуществлена АО «РКЦ «Прогресс» в полном объёме за счёт собственных средств.

В 2014 году АО «РКЦ «Прогресс» и общество с ограниченной ответственностью заключили новый государственный контракт на общую сумму более 3 миллиардов 284 миллионов рублей. В 2015 году с фирмой был заключен ещё один контракт на общую сумму более 1 миллиарда 142 миллионов рублей на поставку оборудования. Оплата за поставленные станки произведена в полном объеме из средств федерального бюджета, поступивших в рамках федеральной целевой программы.

Но уже в 2015 году сотрудники АО «РКЦ «Прогресс» приняли решение о заключении дополнительных договоров с ООО на поставку дополнительного оснащения к поставляемому оборудованию в рамках государственных контрактов на общую сумму 185 миллионов рублей. Денежные средства по дополнительным договорам были оплачены за счёт собственных средств в полном объёме, однако дополнительное оснащение не поставлялось, так как входило в комплектацию оборудования и было поставлено в адрес АО «РКЦ «Прогресс» в рамках государственных контрактов.

В соответствии с актом служебной проверки финансово-хозяйственной деятельности АО «РКЦ «Прогресс», указанные незаконные действия привели к наступлению ущерба Российской Федерации на общую сумму более 404 миллионов рублей.

Как писал «Засекин», фигурант так называемого «космического уголовного дела» Сергей Тюлевин был отстранён от занимаемой должности на всё время расследования. Такой вердикт вынес 18 января 2017 года Самарский районный суд. А 17 января Самарский областной суд оставил в силе решение районного суда о применении к Тюлевину меры пресечения в виде подписки о невыезде.

Напомним, что 57-летний единоросс Сергей Тюлевин, заместитель генерального директора и главный инженер РКЦ «Прогресс», а также депутат Самарской городской думы и Кировского районного совета, является наряду с начальником финансового управления и внешнеэкономической деятельности ракетно-космического центра, дочерью генерального директора предприятия Светланой Кирилиной подозреваемым в хищении на сумму 309 миллионов 800 тысяч рублей. Г-н Тюлевин занимает и пост председателя комитета городского парламента по бюджету, налогам и экономике. В связи с депутатским статусом расследование его «деятельности» передали во второй отдел по расследованию особо важных дел Следственного управления СКР по Самарской области.

Светлана Кирилина тоже была отстранена от исполнения служебных обязанностей на весь период предварительного расследования. Более того, как сообщало «Самарское обозрение», Самарский областной суд признал законными и обоснованными решения суда Самарского района об аресте денежных счётов, недвижимого и движимого имущества Кирилиной.

Так называемое «космическое уголовное дело» было возбуждено следственным отделом УФСБ по Самарской области 27 октября 2016 года. По данным «Коммерсанта», РКЦ «Прогресс» заключил 17 октября 2011 года контракт с ООО «Спец Строй», согласно которому космическое самарское предприятие должно было осуществить модернизацию производственной базы для серийного выпуска ракет-носителей «Союз-2», купив и смонтировав за 2 миллиарда 918 миллионов рублей станочный центр модели FOZO 80-VR/2,6 (компании TOS KURIM-OS, Чехия) и токарно-фрезерный многоцелевой станок AC 62 TM 5500 (компания Pietro Carnaghi S.P.A., Италия). Для исполнения контрактных обязательств ООО «Спец Строй» привлёк в качестве соисполнителей контракта компанию «Технокомплектлинии», заключив с ней в сентябре 2013-го и апреле 2014-го года договоры NT/CC-035 и NT/СС-048 на поставку чешской и итальянской продукции стоимостью €3,552 миллионов и €7,489 миллионов соответственно. В октябре 2014 года «Спец Строй» перечислил «Технокомплектлиниям» два аванса на сумму около 175 миллионов рублей, однако впоследствии, по версии ФСБ, «неустановленное лицо из числа руководства РКЦ «Прогресс» с целью извлечения выгоды и преимуществ для аффилированного с ним ООО «Самарская торговая компания — Экспорт 2002» приняло решение о замене «Технокомплектлинии». В ноябре 2014 года были подписаны договоры о замене лиц в обязательствах с иностранными контрагентами.

Как установило следствие, в январе 2015 года «Прогресс», несмотря на ранее заключенный контракт, объявил конкурс на закупку чешского станочного центра FOZO 80-VR/2,6 на условиях, выгодных «Экспорту 2002». По условиям тендера этой компании, считает следствие, была обеспечена необоснованно завышенная цена закупки оборудования в размере €3,75 миллионов (при цене изготовителя в €2,26 миллионов). В результате 28 января 2015 года «Прогресс» заключил с «Экспортом 2002» контракт NСТК-П/280115, по которому стоимость чешского оборудования составила €3,72 миллиона. А прежде заключённый контракт с «Технокомплектлинией» был расторгнут. Схожая схема была использована и в случае с приобретением итальянского станка. В итоге в акте служебной проверки отдельных вопросов финансово-хозяйственных деятельности «Прогресса», проведенной «Роскосмосом» в мае, июне и июле 2016 года, говорится, что в результате подобных действий самарскому предприятию «нанесён значительный ущерб в размере 309 миллионов 800 тысяч рублей».