Ещё в феврале Суд Ленинского района Самары признал Нестеренко виновным в искусственном завышении цен на продукты питания для самарских больниц и нанесении государству ущерба в размере 8,4 миллиона рублей, однако назначил ему «смешной» штраф в размере 50 тысяч рублей. В ответ прокуратура Ленинского района Самары «принесла апелляционное представление на чрезмерно мягкое наказание». Определением судебной коллегии по уголовным делам Самарского областного суда от 4 апреля 2014 года апелляционное представление было удовлетворено, и дело направлено на новое судебное рассмотрение.

Как сообщало ИА «Засекин», это уголовное дело было возбуждено в конце октября 2012 года по подозрению в превышении должностных полномочий «неустановленных лиц» департамента здравоохранения Самары. 6 ноября 2012 года в департаменте прошли обыски. Затем выяснилось, что фигурантом дела стал Михаил Нестеренко, руководитель консультационно-аналитического отдела МБУ «ГМИАЦ», который входил в структуру департамента до его ликвидации.

В настоящий момент следствием и судом установено, что в октябре 2011 года Нестеренко получил от муниципальных медицинских учреждений города сведения об объёмах закупки продуктов питания на первое полугодие 2012 года. Затем самостоятельно определил цены договоров на поставку продуктов для учреждений, а также определил поставщиков - ООО «Мерцана», ООО «Профит» и ООО «Фаворит». Организации предоставили ему запрашиваемые предложения с явно завышенными  ценами. После этого Михаил Нестеренко лично составил 13 заявок-поручений муниципальным медицинским учреждениям на размещение заказа на поставку продуктов питания на первое полугодие 2012 года. Ущерб от махинации составил 8,4 миллиона рублей.

Отметим, что чрезвычайный резонанс это дело получило благодаря Николаю Меркушкину, который ещё в конце 2012 года начал публично возмущаться закупками продуктов для самарских больниц по завышенным в несколько раз ценам. Затем, в 2013 году, весьма резкую пресс-конференцию по этой теме дал руководитель следственного отдела по Самаре СУ СК РФ по Самарской области Александр Супрун, заявивший, что не сомневается в доведении этого уголовного дела до суда и обвинительного приговора. В ответ пресс-служба администрации Самары распространила заявление, в котором со ссылкой на департамент по вопросам общественной безопасности информация о коррупции при закупках для медицинских учреждений полностью опровергалась.